有没有一部动漫，结局是男主明确和多位女主在一起，形成了真正的后宫（而非开放式或暧昧结局）？

有的，比如《无限斯特拉托斯》（IS）。虽然动画第一季结局偏向暧昧，但轻小说后续明确描写了男主织斑一夏与多位女主（如筱之之箒、塞西莉亚、凰铃音等）保持恋爱关系，并以“全员认可”的后宫状态收尾。此外，《带着智慧型手机闯荡异世界》的动画结局中，男主望月冬夜直接与多位女主结婚并共同生活，是典型的真后宫结局。